Крипта Покровского собора Обители освящена в честь Собора архистратига Михаила и прочих Небесных Сил бесплотных, чью память Православная Церковь чтит 21 ноября.
Крипта (нижняя церковь) Покровского собора Марфо-Мариинской обители была освящена во имя архистратига Божия Михаила и всех Небесных сил бесплотных 26 августа 1917 года.
«Нижний храм внутри отделан весьма благолепно. Иконостас в древнем стиле покрыт басмой, образа в византийском стиле. В алтаре старинные иконы в серебряных ризах; ценная утварь из серебра. Торжество возглавил настоятель храмов обители протоиерей Митрофан Сребрянский, пели сестры-послушницы», - свидетельствует об этом событии небольшая заметка в «Московском листке», одной из самых популярных газет в России конца XIX века.
Церковь-крипта представляет собой два помещения - узкое, под южным нефом храма, и более обширное - непосредственно усыпальница, аккуратно скрытая от посторонних глаз. Именно здесь, в стенах родной Обители, по замыслу ее основательницы Великой княгини Елисаветы Феодоровны, должны были быть захоронены принявшие постриг насельницы Обители - те, кто свою жизнь посвятил помощи нуждающимся и попавшим в беду.
Оба помещения нижней церкви спроектированы таким образом, что всё, происходящее в алтаре, слышно и в усыпальнице. Так, нередко Великая княгиня молилась во время богослужения именно там, избегая излишнего внимания к себе. В тишине, окруженная ликами праведников, она могла сконцентрировать все свои душевные и духовные силы на молитве.
Расписывал крипту в 1916 году по заказу настоятельницы Обители преподобномученицы Елисаветы Феодоровны молодой художник Павел Корин, талантливый ученик и лучший помощник Михаила Нестерова.
«Путь праведников ко Господу» - так назвал молодой художник свою первую и последнюю роспись-фреску. Орнаменты в Покровским соборе и роспись усыпальницы — единственные фрески Павла Корина: ни до, ни после художник в такой технике не работал. Святители Григорий Богослов и Василий Великий, пророк Даниил и святые три отрока Анания, Азария и Мисаил, святые праотцы Иаков и Авраам, пророк и креститель Иоанн Предтеча со своей святой матерью, равноапостольная мироносица Мария Магдалина, святые апостолы и многие прославившие Господа праведники плотной вереницей будто следуют вдоль узкого коридора крипты ко Спасителю, окруженному бесплотными ангелами.
Исследователи не исключают, что в крипте Марфо-Мариинской обители находится последняя храмовая роспись, выполненная в дореволюционной Москве.
На сегодняшний день крипта Покровского собора закрыта для посещения, в ней не совершаются богослужения. Однако по благословению Матушки-игумении насельницы Обители, ее сотрудники и добровольцы иногда спускаются в нижний храм, чтобы прочитать акафист основательнице Обители и ее первой настоятельнице - преподобномученице Великой княгине Елисавете Феодоровне.