Первым действующим храмом в Марфо-Мариинской Обители стал домовый храм во имя святых праведных Марфы и Марии. Он изначально расположился в больничном корпусе, и оттого его называли еще больничным храмом. Здесь совершались все богослужения, пока строился главный — соборный храм.

Для обустройства храма в Зимнем саду больничного корпуса поставили большие стеклянные двери — сквозь них всегда были видны иконостас и убранство домовой церкви. Во время Литургии двери открывали настежь так, чтобы тяжелобольные могли присутствовать на богослужении, даже не вставая с кровати.

Храм был освящен епископом Трифоном 9 (22) сентября 1909 года. Именно в этом храме впервые по разработанному Святейшим Синодом чину прошло посвящение сестер в звание крестовых, а Великой княгини — в сан настоятельницы. Все они дали обет иноческой жизни в труде и молитве. Епископ Трифон, обращаясь к Елизавете Феодоровне, произнес ставшие пророческими слова: «Эта одежда скроет Вас от мира, и мир будет скрыт от Вас, но она в то же время будет свидетельницей Вашей благотворной деятельности, которая воссияет пред Господом во славу Его».

Вопрос о возведении большого собора встал сразу, как только Елизавета Феодоровна приобрела усадьбу на Ордынке. С просьбой порекомендовать талантливого архитектора она обратилась к художнику Михаилу Нестерову — этого живописца, расписывающего храмы, очень ценил Сергей Александрович. В 1898 г. Великий князь приобрел у Нестерова посмертный портрет жены художника — картину «Христова невеста». Елизавете Феодоровне эта картина тоже нравилась. Поэтому, когда Нестеров назвал 35-летнего Алексея Щусева в качестве возможного автора проекта, Августейшая учредительница Обители сразу же согласилась. И обратилась к Нестерову с просьбой самому расписывать будущую церковь. Предложение было с радостью принято.

Храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы.
2008 г.

Соборный храм был заложен в мае 1908 года. В числе его создателей были А. Щусев, М. Нестеров и его талантливый ученик П. Корин, знаменитый скульптор С. Коненков. 8 апреля 1912 г. митрополит Московский Владимир освятил Храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы.

Построенный по образцам новгородско-псковского зодчества, он сохранял теплоту и уют небольших приходских церквей. Массивный объем храма с узкими щелевидными окнами увенчан крупной шлемовидной главой. Гладкие белые стены украшены кирпичным декором и каменной резьбой (скульптор С. Т. Коненков). Восточная часть здания, обращенная к улице, наиболее выразительна и пластична. Трапезная, одинаковая по ширине с храмом, имеет плоские фасады, очерченные мягкой линией кровли. На западе объем трапезной завершается двумя звонницами, выделенными широкими арочными проемами и главками. Между ними над порталом помещен мозаичный лик Спаса по рисунку М. В. Нестерова. Основные росписи интерьера были сделаны Нестеровым на медных листах. В этой работе участвовали братья Корины, Павел и Александр. Купол храма был крыт красной медью. 12 колоколов были настроены под знаменитые Ростовские звоны.

Храм сам по себе является ценным достоянием культуры. Но главное — это благоговейные богослужения, совершаемые духовенством обители, а нередко — и иерархами Церкви при дивном пении сестер, и просветительские лекции и беседы, которые велись каждое воскресение в трапезной этого храма духовником обители о. Митрофаном и приглашенными им лучшими проповедниками того времени. Москвичи активно посещали эти занятия. В трапезной храма проходили также заседания Палестинского общества, Географического общества, духовные чтения и другие мероприятия.

В престолы обоих храмов вложены частицы мощей святителя Алексия Московского, праведной Елисаветы, матери Иоанна Крестителя, и преподобного Иоанна Лествичника. Под Покровским собором располагается третий храм во имя Сил Небесных и Всех Святых. Лестничный спуск, ведущий в подземную усыпальницу, расписывал Павел Корин, который назвал свое творение «Путь праведников ко Господу». Работы в подземной церкви завершились только в 1914 г. Храм освятили 26 августа 1917 года.