В 1992 году решением правительства Москвы весь комплекс зданий Марфо-Мариинской обители милосердия был передан Русской Православной Церкви.
Процесс передачи шел постепенно, и как все хорошее и доброе, не раз преодолевал различные испытания, связанные как с техническими проблемами переезда организаций, занимавших ее здания, так и с непониманием и даже сопротивлением со стороны отдельных людей делу восстановления исторической справедливости. В 1993 году было возрождено Марфо-Мариинское сестричество. Государственные центральные художественно-реставрационные мастерские имени И.Э. Грабаря, размещавшиеся с 1945 года в Покровском соборе, в конце 2006 года переехали в новое удобное помещение. Перед этим руководство ГЦХРМ передало Обители выносной запрестольный крест, выполненный по эскизам А.В. Щусева, а также предположительно настоятельское кресло Елисаветы Феодоровны, надвратную икону и иные ценные вещи. Обитель особенно благодарна мастерским за сохранившийся иконостас с иконами М.В. Нестерова и настенные росписи.
Вскоре в храме впервые за восемьдесят лет возобновилось регулярное богослужение. До этого служба с 1990-х годов прошлого столетия и до 2006 года совершалась в переданном Обители домовом храме свв. правв. Марфы и Марии.
В 2005 году по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II при поддержке Фонда Андрея Первозванного в пределы Русской Православной Церкви были принесены мощи преподобномучениц Великой княгини Елисаветы и Варвары, что стало первой совместной акцией Московского Патриархата и Русской Зарубежной Церкви, и, несомненно, способствовало дальнейшему воссоединению.
Все ремонтно-реставрационные работы в Обители осуществлялись за счет спонсоров и дарителей, без привлечения средств городского бюджета. В мае 2007 года по распоряжению правительства Москвы Марфо-Мариинской обители милосердия был передан в безвозмездное пользование жилой дом 1861 года на Б.Ордынке, в котором ныне действует Елизаветинская гимназия.
Полномасштабная реставрация обительского комплекса началась летом того же года. Были отреставрированы Покровский собор, Марфо-Мариинский домовый храм, «Голгофа», общежитие сестер милосердия, покои Великой княгини Елисаветы Феодоровны, воскресная школа с квартирой священника, ограда, сторожка, часовня, домик садовника, павильон в парке, гараж и хозяйственный навес. Осуществлено благоустройство территории Обители.
В 2008 году в доме, где жила настоятельница Обители прмц. Елисавета Феодоровна, был открыт ее мемориальный музей. Отдельная его экспозиция посвящена прписп. Сергею Сребрянскому.
С 2010 года действует Марфо-Мариинский медицинский центр «Милосердия», оказывающий лечебно-реабилитационную помощь детям, страдающим церебральным параличем. Всего в настоящее время Марфо-Мариинская обитель совместно с православной службой помощи «Милосердия» осуществляет десять важных социальных и благотворительных проектов, направленных на помощь сиротам, инвалидам, старикам и малоимущим.
В 2014 году Обитель обрела статус ставропигиального женского монастыря с сохранением специфики своего традиционного социального служения.
Начальницы Марфо-Мариинской обители милосердия новейшего периода:
монахиня Елизавета (Крючкова) (1992-2006), Наталия Анатольевна Молибога (2006-2011).
В настоящее время настоятельницей ставропигиального монастыря Марфо-Мариинской обители милосердия является игумения Елисавета (Позднякова).
По материалам: прот. Ходанов М. «Преподобномученица Елисавета Феодоровна и ее Обитель». М., 2016 г.
Фото: pastvu.com, 1990-е гг.